ATAC-seq技術是使用高通量測序對Tn5轉座酶易接近性染色質區域（開放染色質區域）進行測序分析的一種表觀遺傳學研究技術。該技術通常和RNA-seq技術聯合應用于：開放染色質區域預測、轉錄因子結合位點及轉錄調控機制。
ATAC-seq和RNA-seq是發育、疾病、腫瘤、脅迫、藥物等研究領域常用的表觀多組學技術組合。
01. 案例背景介紹
紋狀體（striatum）失調會引發多種神經精神疾病，包括亨廷頓氏癥（HD）、帕金森氏癥、X-連鎖肌張力障礙-帕金森癥、成癮、自閉癥和精神分裂癥。人類的背側紋狀體由尾狀核和殼核組成，但在小鼠中由單個核組成，可以調節運動、獎勵和認知方面。紋狀體的功能依賴于神經元劃分為紋狀小體（striosome）和基質體（matirx），紋狀小體占據體積的10-15%，并分散在基質占據的80-85%中。紋狀體和基質的神經發生產生不同的波，但調節分區和神經元分化的機制仍是未知的。目前，還沒有穩健的紋狀體細胞生成方案用于體外研究和替代治療。
02. 案例設計和測序方案
英文：Unbiased identification of novel transcription factors in striatal compartmentation and striosome maturation
中 文：在紋狀體分區和紋狀小體成熟過程中鑒定到新轉錄因子
期 刊：eLife（IF：7.08）
數 據：材料是出生后3天（PND3）的Nr4a1-EGFP小鼠，通過熒光活化細胞分選（FACS）得到兩類細胞：Nr4a1-EGFP陽性細胞群代表紋狀小體，Nr4a1-EGFP陰性細胞群代表基質體，進行RNA-seq和ATAC-seq建庫（圖1）。
