ChIP-seq
ChIP-seq技術(shù)結(jié)合染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）與高通量測序，是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。
ChIP-seq技術(shù)是將ChIP與高通量二代測序結(jié)合，從基因組范圍內(nèi)檢測組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等蛋白質(zhì)結(jié)合的DNA區(qū)段。研究轉(zhuǎn)錄因子及其他與染色質(zhì)相關(guān)的蛋白如何影響表觀調(diào)控，檢測在一些生物過程與疾病中，DNA與蛋白質(zhì)相互作用調(diào)控基因表達(dá)的重要性。結(jié)合生物信息學(xué)分析，能夠找到轉(zhuǎn)錄因子下游調(diào)控的靶基因，為進(jìn)一步闡明生物學(xué)機(jī)制提供依據(jù)。
技術(shù)優(yōu)勢：
1. 全基因組覆蓋：ChIP-Seq可在全基因組范圍單堿基水平對蛋白結(jié)合位點進(jìn)行篩選與鑒定。
2. 高靈敏度：每個樣本可獲得數(shù)百萬條的序列標(biāo)簽，可發(fā)現(xiàn)研究基因組上稀有的蛋白結(jié)合位點。
3. 高精確率：可獲得高水平的信噪比數(shù)據(jù)，準(zhǔn)確區(qū)分真實事件與噪音，精確定位蛋白結(jié)合位點。
實驗原理：
首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，并對其進(jìn)行純化與文庫構(gòu)建；然后對富集得到的DNA片段進(jìn)行高通量測序。
應(yīng)用：（1）判斷DNA鏈的某一特定位置會出現(xiàn)何種組蛋白修飾；
（2）檢測RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結(jié)合位點的精確定位；
（3）研究組蛋白共價修飾與基因表達(dá)的關(guān)系；
（4）CTCF轉(zhuǎn)錄因子研究。
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